리더경제 【부동산 세제 긴급진단 1부】 비거주 1주택 종부세 강화 결국 철회…정부는 왜 29일 만에 돌아섰나

기본공제 12억 원→9억 원 축소안 철회…현행 12억 원 유지

보유세 부담 상한 150%→200% 인상안도 백지화…급격한 세 부담 증가 제동

실거주 1주택 기본공제 14억 원 확대는 유지…종부세 전체 개편 취소는 아냐

리더경제 

【부동산 세제 긴급진단 1부】 비거주 1주택 종부세 강화 결국 철회…정부는 왜 29일 만에 돌아섰나 

기본공제 12억 원→9억 원 축소안 철회…현행 12억 원 유지 

보유세 부담 상한 150%→200% 인상안도 백지화…급격한 세 부담 증가 제동 

실거주 1주택 기본공제 14억 원 확대는 유지…종부세 전체 개편 취소는 아냐 

리더경제 윤수연 기자 



이재명 정부가 비거주 1주택자의 종합부동산세 부담을 높이려던 방안을 결국 철회했다. 

정부가 지난 8월 3일 세제개편안을 발표한 지 29일 만이다. 

정책 철회가 확정된 부분은 비거주 1주택자의 종부세 기본공제를 현행 12억 원에서 9억 원으로 낮추는 방안과 보유세 세 부담 상한을 전년도 세액의 150%에서 200%로 높이는 방안이다. 

재정경제부는 9월 1일 국무회의에서 확정한 종합부동산세법·소득세법 등 11개 세법 개정안에 입법예고와 부처 협의 과정에서 제기된 의견을 반영했다. 

이에 따라 비거주 1주택자의 종부세 기본공제는 현행 공시가격 12억 원으로 유지된다. 

비거주 부부가 주택 한 채를 공동명의로 보유한 경우의 기본공제도 당초 정부안의 1인당 4억 원이 아니라 현행과 같은 1인당 6억 원으로 유지된다. 


 

▲ 정부는 비거주 1주택자의 종합부동산세 기본공제를 12억 원에서 9억 원으로 낮추려던 당초 개편안을 철회하고 현행 12억 원을 유지하기로 했다. 자료출처=재정경제부·대한민국 정책브리핑 

세 부담 상한 200% 인상안도 철회 

보유세가 한 해 동안 급격하게 증가하지 않도록 제한하는 세 부담 상한도 현행 150%가 적용된다. 

예를 들어 전년도에 낸 재산세와 종부세를 합한 보유세가 1,000만 원이었다면, 현행 제도에서는 다음 해 보유세가 원칙적으로 1,500만 원을 넘지 않도록 제한된다. 

정부의 당초 개편안대로 상한이 200%로 높아졌다면 최대 2,000만 원까지 늘어날 수 있었다. 

하지만 정부가 최종안을 수정하면서 세 부담 상한 인상안도 백지화됐다. 


 

▲ 보유세 세 부담 상한을 전년도 세액의 150%에서 200%로 높이려던 방안도 철회됐다. 이에 따라 현행 150% 상한이 유지된다. 자료출처=재정경제부 

종부세 개편 전체가 취소된 것은 아니다 

다만 이번 결정은 종부세 자체를 폐지하거나 부동산 세제개편 전체를 취소한 것이 아니다. 

실제로 거주하는 1세대 1주택자의 종부세 기본공제를 현행 12억 원에서 14억 원으로 높이는 방안은 유지된다. 

정부가 추진하는 주택 수 중심의 종부세 과세체계를 주택 가액 중심으로 전환하는 방향과 고가주택에 대한 세율 조정 등 나머지 개편 내용도 비거주 1주택 공제 철회와 구분해서 봐야 한다. 

따라서 이번 정책 수정의 정확한 의미는 ‘비거주 1주택자의 공제 축소와 세 부담 상한 인상 철회’다. 


 

▲ 실거주 1세대 1주택자의 종부세 기본공제를 12억 원에서 14억 원으로 확대하는 방안은 유지된다. 이번 결정은 종부세 개편 전체의 취소가 아니다. 자료출처=재정경제부·대한민국 정책브리핑 

왜 29일 만에 정책이 바뀌었나 

이번 논란은 같은 한 채를 보유하고 있어도 실제 거주 여부에 따라 기본공제 기준을 크게 달리하는 것이 타당한지를 둘러싸고 시작됐다. 

정부는 당초 ‘집은 사는 것이 아니라 사는 곳’이라는 원칙 아래 실거주 1주택자는 공제를 확대하고, 해당 주택에 거주하지 않는 1주택자는 다주택자와 같은 9억 원의 공제를 적용하려 했다. 

그러나 직장 이동과 자녀 교육, 부모 봉양, 임대차계약 등으로 자신의 주택에 거주하지 못하는 사람까지 투기 수요로 간주할 수 있느냐는 반론이 제기됐다. 

보유한 주택은 한 채뿐인데 단순히 거주하지 않는다는 이유로 기본공제를 3억 원 축소하는 것은 과도하다는 지적도 이어졌다. 

세 부담 상한을 한꺼번에 150%에서 200%로 높일 경우 공시가격과 세율, 공정시장가액비율 상승이 겹치는 일부 고가주택 소유자의 보유세가 급격히 증가할 수 있다는 우려도 나왔다. 

정부가 최종안을 수정하면서 비거주 1주택자의 기본공제와 세 부담 상한은 현행 수준으로 돌아갔다. 


 

▲ 직장 이동과 자녀 교육, 부모 봉양, 임대차계약 등 다양한 사정으로 본인 소유 주택에 거주하지 못하는 1주택자를 일률적으로 불리하게 과세하는 것이 적절한지를 두고 논란이 이어졌다. 자료출처=리더경제 

비거주 1주택자는 실제 세금이 얼마나 달라질까 

정책의 직접적인 영향을 받는 비거주 1주택자 입장에서는 당초 개편안과 비교해 내년도 종부세 부담이 줄어드는 효과가 예상된다. 

그러나 모든 1주택자의 종부세가 줄어드는 것은 아니다. 

종부세는 주택 공시가격과 기본공제, 공정시장가액비율, 과세표준별 세율, 세액공제 등을 종합해 산출하기 때문에 보유 주택의 가격과 거주 여부에 따라 결과가 달라진다. 

비거주 1주택 기본공제가 12억 원으로 유지되더라도 다른 종부세 개편 항목이 적용되면 실제 납부액은 달라질 수 있다. 



이재명 대통령 “정책 입장 바꾸는 것이 부정의인가” 

이재명 대통령은 9월 2일 정부의 결정이 ‘부동산 정책 후퇴’라는 비판을 받자 직접 반박했다. 

이 대통령은 사회관계망서비스를 통해 정책 입장을 바꾸는 것은 부정의이고 기존 입장을 고수하는 것은 무조건 옳은 것이냐는 취지로 반문하며, 이번 결정은 호불호가 엇갈릴 수 있는 정책 선택의 문제라고 밝혔다. 

강남 지역의 집값이 왜 급락하는지도 살펴보라는 메시지도 내놨다. 

정부가 여론과 시장 상황을 반영해 과세 강화안을 수정했다는 입장이지만, 발표 29일 만에 주요 내용이 바뀌면서 정책의 예측 가능성과 일관성을 둘러싼 논쟁은 계속될 전망이다. 

세금을 강화하겠다는 최초 발표만으로도 주택 보유와 매각 여부를 고민한 납세자에게 영향을 줄 수 있기 때문이다. 

반대로 입법예고와 의견수렴은 최종 법률안을 확정하기 전에 문제점을 보완하기 위한 절차인 만큼, 정책 수정 자체를 무조건 후퇴로 규정해서는 안 된다는 시각도 있다. 


 

▲ 이재명 대통령은 9월 2일 정부의 종부세 개편안 수정에 대해 정책 입장을 바꾸는 것 자체를 부정적으로 볼 수 없다는 취지의 입장을 밝혔다. 자료출처=대한민국 청와대 

아직 국회 심의 남았다 

현재 확정된 것은 정부가 국회에 제출할 세법 개정안이다. 

종부세법 개정안은 국회의 상임위원회와 법제사법위원회, 본회의 심의를 거쳐야 한다. 국회 논의 과정에서 세부 내용이 다시 조정될 가능성도 남아 있다. 

이번 사안을 정확히 이해하려면 ‘종부세 강화가 모두 취소됐다’고 해석해서는 안 된다. 

비거주 1주택자의 기본공제를 9억 원으로 축소하는 방안과 보유세 세 부담 상한을 200%로 높이는 방안이 철회된 것이 핵심이다. 

실거주 1주택자의 기본공제 14억 원 확대를 비롯한 나머지 부동산 세제개편은 별도로 확인해야 한다. 

리더경제 분석|세금보다 더 커진 ‘정책 신뢰’의 문제 

이번 정책 수정의 직접적인 결과는 비거주 1주택자의 세 부담 강화가 당초 계획보다 완화됐다는 것이다. 

하지만 더 큰 쟁점은 정책의 예측 가능성이다. 

부동산 세제는 주택을 살지 팔지, 증여할지 보유할지 결정하는 데 직접적인 영향을 준다. 정책 발표 자체가 시장 참가자의 의사결정을 바꿀 수 있다는 의미다. 

따라서 정부가 정책을 수정할 때는 단순히 바뀐 결과만 알리는 것이 아니라 어떤 문제가 확인됐고 왜 기존 판단을 변경했는지를 충분히 설명해야 한다. 

동시에 입법예고와 의견수렴 과정에서 현실적인 문제를 발견해 수정하는 기능도 정책 설계에서 필요하다. 

결국 이번 종부세 논란의 핵심은 세율 하나가 아니다. 정부가 시장과 국민에게 얼마나 예측 가능한 기준을 제시하고, 정책을 바꿀 때 그 이유를 얼마나 설득력 있게 설명할 수 있느냐의 문제다. 



 



【2부 예고】 

리더경제는 2부에서 실거주 1주택자와 비거주 1주택자, 부부 공동명의자의 기본공제 차이와 개정안이 실제 보유세에 미칠 영향을 구체적으로 짚어본다. 

자료출처 및 기사 확인 정보 

자료출처 : 재정경제부·대한민국 정책브리핑·대한민국 청와대 

보도시점 : 2026년 9월 1일·9월 2일 

기사 자료확인 기준 : 2026년 9월 3일 

자료이용 : 공공누리 제1유형 이용 가능 텍스트 자료를 바탕으로 작성 

※ 이번 정부 수정안에서 철회된 핵심 내용은 비거주 1주택자의 종부세 기본공제를 12억 원에서 9억 원으로 축소하는 방안과 보유세 세 부담 상한을 150%에서 200%로 높이는 방안입니다. 

※ 실거주 1세대 1주택자의 기본공제를 14억 원으로 확대하는 방안 등 다른 종부세 개편 내용은 별도로 유지되고 있으므로 종부세 개편 전체가 철회된 것으로 해석해서는 안 됩니다. 

※ 현재 단계는 정부가 확정한 세법 개정안으로 국회 심의 과정에서 내용이 변경될 수 있습니다. 

※ 실제 종부세 납부액은 공시가격, 기본공제, 공정시장가액비율, 세율, 세액공제 등 개별 조건에 따라 달라질 수 있습니다. 

 

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작성 2026.09.03 11:36 수정 2026.09.03 12:00

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